Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CNOT3-204ENST00000447684 2765 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
BRPF3Q9ULD4 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
BRPF3Q9ULD4 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC21.52■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms