Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
USF3Q68DE3 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms