Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
SHANK3Q9BYB0 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SHANK3Q9BYB0 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms