Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
COL4A3Q01955 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
COL4A3Q01955 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.6 ms