Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
HOXC9P31274 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms