Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
VPS29Q9UBQ0 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.8 ms