Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SYNE4Q8N205 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms