Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
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VSX1Q9NZR4 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
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VSX1Q9NZR4 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
VSX1Q9NZR4 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
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VSX1Q9NZR4 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
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VSX1Q9NZR4 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
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VSX1Q9NZR4 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VSX1Q9NZR4 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
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