Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP53Q70EK8 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms