Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
VPS28Q9UK41 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS28Q9UK41 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS28Q9UK41 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms