Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC42Q96M95 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC42Q96M95 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC42Q96M95 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 181.4 ms