Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM40Q6P9F5 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
TRIM40Q6P9F5 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TRIM40Q6P9F5 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms