Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

Predictions only

Length 438 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLN3Q13286 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CLN3Q13286 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CLN3Q13286 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CLN3Q13286 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.6 ms