Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 RPL37-201ENST00000274242 7686 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC8□□□□□ -1.133e-6■■■■□ 26
U2AF1Q01081 RXRB-203ENST00000481441 1330 ntTSL 223.14■■□□□ 1.33e-7■■■■□ 26
U2AF1Q01081 SEC63-201ENST00000369002 6411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.744e-7■■■■□ 26
U2AF1Q01081 SERINC1-201ENST00000339697 3137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.313e-6■■■■□ 25.9
U2AF1Q01081 MARCH6-202ENST00000449913 3062 ntTSL 2 BASIC12.53□□□□□ -0.48e-10■■■■□ 25.9
U2AF1Q01081 MARCH6-210ENST00000511802 4734 ntTSL 210.14□□□□□ -0.798e-10■■■■□ 25.9
U2AF1Q01081 MARCH6-204ENST00000503788 2874 ntTSL 2 BASIC10.05□□□□□ -0.88e-10■■■■□ 25.9
U2AF1Q01081 MARCH6-201ENST00000274140 9569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.18□□□□□ -1.18e-10■■■■□ 25.9
U2AF1Q01081 PNCK-216ENST00000458354 498 ntTSL 338.63■■■■□ 3.772e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 TM6SF1-208ENST00000565982 856 ntTSL 336.16■■■■□ 3.382e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.182e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-227ENST00000475172 877 ntTSL 532.92■■■□□ 2.862e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.822e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.92■■■□□ 2.72e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC30.85■■■□□ 2.532e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-225ENST00000473680 1232 ntTSL 229.06■■■□□ 2.242e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-221ENST00000466074 1564 ntTSL 227.35■■□□□ 1.972e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-208ENST00000422811 771 ntTSL 326.54■■□□□ 1.842e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.792e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 TM6SF1-201ENST00000258909 1469 ntTSL 1 (best)25.47■■□□□ 1.672e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-220ENST00000465303 868 ntTSL 424.91■■□□□ 1.582e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-209ENST00000423545 448 ntTSL 424.88■■□□□ 1.572e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-231ENST00000488994 1437 ntTSL 224.49■■□□□ 1.512e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 TM6SF1-203ENST00000379384 1808 ntTSL 524.1■■□□□ 1.452e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-223ENST00000466662 464 ntTSL 324.06■■□□□ 1.442e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-207ENST00000419804 561 ntTSL 424.03■■□□□ 1.442e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-219ENST00000463548 783 ntTSL 524.03■■□□□ 1.442e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.432e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-230ENST00000488168 976 ntTSL 323.4■■□□□ 1.342e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-206ENST00000418241 566 ntTSL 323.26■■□□□ 1.312e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-212ENST00000434652 311 ntTSL 523.26■■□□□ 1.312e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-224ENST00000472324 2143 ntTSL 1 (best)23■■□□□ 1.272e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-222ENST00000466638 1204 ntTSL 222.09■■□□□ 1.132e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.082e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-210ENST00000425526 725 ntTSL 521.55■■□□□ 1.042e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 OCIAD1-211ENST00000507210 582 ntTSL 320.57■□□□□ 0.882e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-214ENST00000439087 754 ntTSL 519.43■□□□□ 0.72e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-232ENST00000489536 836 ntTSL 219.4■□□□□ 0.72e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-211ENST00000433470 717 ntTSL 518.71■□□□□ 0.592e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 OCIAD1-220ENST00000509963 432 ntTSL 217.75■□□□□ 0.432e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 OCIAD1-228ENST00000514981 653 ntTSL 315.72■□□□□ 0.112e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 PNCK-205ENST00000411968 557 ntTSL 513.05□□□□□ -0.322e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 OCIAD1-224ENST00000512236 594 ntTSL 312.65□□□□□ -0.382e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 OCIAD1-221ENST00000510824 582 ntTSL 312.57□□□□□ -0.42e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 RNF213-220ENST00000582970 21055 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.01□□□□□ -0.972e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 TM6SF1-207ENST00000565774 1020 ntTSL 1 (best) BASIC7.9□□□□□ -1.142e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 RNF213-204ENST00000508628 17730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.76□□□□□ -1.332e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 OCIAD1-218ENST00000509246 495 ntTSL 25.49□□□□□ -1.532e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 OCIAD1-222ENST00000511102 688 ntTSL 23.43□□□□□ -1.862e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 OCIAD1-208ENST00000504654 552 ntTSL 33.23□□□□□ -1.892e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 IL23A-203ENST00000622119 709 ntTSL 213.81□□□□□ -0.23e-11■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 IL23A-202ENST00000619177 740 ntTSL 210.54□□□□□ -0.723e-11■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 TRIM27-207ENST00000498117 728 ntTSL 316.83■□□□□ 0.281e-11■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.471e-6■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.21e-6■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 SREBF2-202ENST00000424354 5699 ntTSL 1 (best)17.24■□□□□ 0.351e-6■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 SETD5-227ENST00000492939 634 ntTSL 215.72■□□□□ 0.116e-26■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 SETD5-213ENST00000459941 1074 ntTSL 515.61■□□□□ 0.096e-26■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 SETD5-206ENST00000413704 3428 ntTSL 29.1□□□□□ -0.956e-26■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 SETD5-202ENST00000399686 3362 ntTSL 58.91□□□□□ -0.986e-26■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 SETD5-217ENST00000466242 4038 ntTSL 28.27□□□□□ -1.096e-26■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 SETD5-218ENST00000466826 284 ntTSL 22.83□□□□□ -1.966e-26■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.694e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.574e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.554e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.494e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.414e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.44e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.284e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.054e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 MARK2-206ENST00000425897 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.644e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 MARK2-205ENST00000408948 2112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.34e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 MARK2-213ENST00000540169 558 ntTSL 49.11□□□□□ -0.954e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 MARK2-214ENST00000543220 595 ntTSL 46.89□□□□□ -1.314e-7■■■■□ 25.8
U2AF1Q01081 BUB1-206ENST00000465029 1999 ntTSL 217.59■□□□□ 0.412e-11■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 BUB1-201ENST00000302759 3507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.332e-11■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 BUB1-212ENST00000535254 3576 ntTSL 2 BASIC11.97□□□□□ -0.492e-11■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 BUB1-202ENST00000409311 3287 ntTSL 1 (best) BASIC9.3□□□□□ -0.922e-11■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 BUB1-207ENST00000466333 2501 ntTSL 1 (best)7.96□□□□□ -1.142e-11■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.286e-7■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 ARHGAP11B-203ENST00000563110 2043 ntTSL 1 (best)22.01■■□□□ 1.116e-7■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.076e-7■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.966e-7■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 TPR-205ENST00000474852 2757 ntTSL 1 (best)20.75■□□□□ 0.916e-7■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 TPR-201ENST00000367478 9708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.036e-7■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 ATP5A1-204ENST00000586523 4547 nt8.09□□□□□ -1.116e-7■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 NPAT-206ENST00000610253 3959 ntTSL 26.4□□□□□ -1.386e-7■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 ARHGAP11B-204ENST00000564902 1161 ntTSL 1 (best)6.01□□□□□ -1.456e-7■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 STAM-205ENST00000494250 462 ntTSL 35.77□□□□□ -1.496e-7■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 NPAT-201ENST00000278612 6117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC1.63□□□□□ -2.156e-7■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 STAG2-218ENST00000483575 864 ntTSL 514.02□□□□□ -0.175e-8■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 STAG2-211ENST00000455404 2089 ntTSL 512.71□□□□□ -0.375e-8■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 STAG2-216ENST00000471107 709 ntTSL 59.03□□□□□ -0.965e-8■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 STAG2-214ENST00000466748 873 ntTSL 57.73□□□□□ -1.175e-8■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 WDR27-201ENST00000423258 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.559e-8■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 WDR27-203ENST00000448612 3178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.189e-8■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 WDR27-211ENST00000546525 3511 ntTSL 1 (best)15.66■□□□□ 0.19e-8■■■■□ 25.7
U2AF1Q01081 SLC11A2-210ENST00000547510 924 ntTSL 527.35■■□□□ 1.973e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-222ENST00000550714 587 ntTSL 426.17■■□□□ 1.783e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.713e-6■■■■□ 25.6
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 275 ms