Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIG3P49916 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIG3P49916 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIG3P49916 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIG3P49916 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIG3P49916 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIG3P49916 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
LIG3P49916 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIG3P49916 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIG3P49916 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIG3P49916 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIG3P49916 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIG3P49916 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIG3P49916 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIG3P49916 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIG3P49916 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIG3P49916 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIG3P49916 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIG3P49916 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIG3P49916 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIG3P49916 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIG3P49916 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIG3P49916 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIG3P49916 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIG3P49916 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIG3P49916 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIG3P49916 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIG3P49916 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIG3P49916 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIG3P49916 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIG3P49916 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIG3P49916 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIG3P49916 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIG3P49916 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIG3P49916 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIG3P49916 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIG3P49916 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIG3P49916 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIG3P49916 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIG3P49916 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIG3P49916 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIG3P49916 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIG3P49916 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIG3P49916 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
LIG3P49916 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIG3P49916 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIG3P49916 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIG3P49916 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIG3P49916 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIG3P49916 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIG3P49916 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIG3P49916 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIG3P49916 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIG3P49916 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIG3P49916 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIG3P49916 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIG3P49916 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIG3P49916 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIG3P49916 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIG3P49916 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIG3P49916 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIG3P49916 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIG3P49916 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIG3P49916 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIG3P49916 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIG3P49916 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIG3P49916 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIG3P49916 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIG3P49916 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIG3P49916 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIG3P49916 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIG3P49916 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIG3P49916 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
LIG3P49916 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
LIG3P49916 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.64
LIG3P49916 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIG3P49916 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIG3P49916 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIG3P49916 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIG3P49916 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIG3P49916 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIG3P49916 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIG3P49916 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIG3P49916 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIG3P49916 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIG3P49916 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIG3P49916 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIG3P49916 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIG3P49916 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIG3P49916 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIG3P49916 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
LIG3P49916 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIG3P49916 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIG3P49916 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIG3P49916 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIG3P49916 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
LIG3P49916 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIG3P49916 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG3P49916 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIG3P49916 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 629.9 ms