Protein–RNA interactions for Protein: O43490

PROM1, Prominin-1, humanhuman

Predictions only

Length 865 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PROM1O43490 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PROM1O43490 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PROM1O43490 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PROM1O43490 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PROM1O43490 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PROM1O43490 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PROM1O43490 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PROM1O43490 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PROM1O43490 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PROM1O43490 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PROM1O43490 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PROM1O43490 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PROM1O43490 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PROM1O43490 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PROM1O43490 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PROM1O43490 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PROM1O43490 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PROM1O43490 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PROM1O43490 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PROM1O43490 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PROM1O43490 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PROM1O43490 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PROM1O43490 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PROM1O43490 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PROM1O43490 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
PROM1O43490 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PROM1O43490 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PROM1O43490 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PROM1O43490 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PROM1O43490 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PROM1O43490 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PROM1O43490 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PROM1O43490 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PROM1O43490 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PROM1O43490 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PROM1O43490 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PROM1O43490 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PROM1O43490 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
PROM1O43490 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PROM1O43490 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PROM1O43490 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PROM1O43490 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PROM1O43490 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PROM1O43490 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PROM1O43490 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PROM1O43490 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PROM1O43490 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PROM1O43490 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
PROM1O43490 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PROM1O43490 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PROM1O43490 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PROM1O43490 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PROM1O43490 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PROM1O43490 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PROM1O43490 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PROM1O43490 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PROM1O43490 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PROM1O43490 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PROM1O43490 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PROM1O43490 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PROM1O43490 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PROM1O43490 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PROM1O43490 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PROM1O43490 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PROM1O43490 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PROM1O43490 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PROM1O43490 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PROM1O43490 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PROM1O43490 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PROM1O43490 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PROM1O43490 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PROM1O43490 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
PROM1O43490 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
PROM1O43490 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PROM1O43490 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PROM1O43490 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PROM1O43490 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PROM1O43490 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PROM1O43490 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PROM1O43490 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PROM1O43490 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PROM1O43490 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
PROM1O43490 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
PROM1O43490 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
PROM1O43490 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
PROM1O43490 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PROM1O43490 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PROM1O43490 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PROM1O43490 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PROM1O43490 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PROM1O43490 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PROM1O43490 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PROM1O43490 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PROM1O43490 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PROM1O43490 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PROM1O43490 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PROM1O43490 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PROM1O43490 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
PROM1O43490 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PROM1O43490 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms