Protein–RNA interactions for Protein: A6NMZ7

COL6A6, Collagen alpha-6(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A6A6NMZ7 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A6A6NMZ7 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A6A6NMZ7 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
COL6A6A6NMZ7 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A6A6NMZ7 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms