Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms