Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SYNE4Q8N205 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms