Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
TCOF1Q13428 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
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