Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM28Q13263 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
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