Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.8 ms