Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
TCOF1Q13428 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
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