Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN9AQ15858 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
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SCN9AQ15858 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
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SCN9AQ15858 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
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SCN9AQ15858 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN9AQ15858 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
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