Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.9 ms