Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LMX1BO60663 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LMX1BO60663 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms