Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC26.85■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC26.85■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
TCOF1Q13428 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TCOF1Q13428 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
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