Protein–RNA interactions for Protein: O60260

PRKN, E3 ubiquitin-protein ligase parkin, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 465 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRKNO60260 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
PRKNO60260 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
PRKNO60260 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
PRKNO60260 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
PRKNO60260 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
PRKNO60260 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
PRKNO60260 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
PRKNO60260 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
PRKNO60260 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
PRKNO60260 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PRKNO60260 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PRKNO60260 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PRKNO60260 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PRKNO60260 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PRKNO60260 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PRKNO60260 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PRKNO60260 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
PRKNO60260 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PRKNO60260 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
PRKNO60260 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.6 ms