Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS29Q9UBQ0 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms