Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.652e-6■■■■■ 126
SF3B1O75533 ERCC2-201ENST00000391941 2871 ntTSL 1 (best)18.52■□□□□ 0.562e-6■■■■■ 126
SF3B1O75533 WDR18-211ENST00000607440 1397 ntTSL 518.32■□□□□ 0.522e-6■■■■■ 126
SF3B1O75533 WDR18-201ENST00000251289 1501 ntTSL 517.6■□□□□ 0.412e-6■■■■■ 126
SF3B1O75533 ERCC2-210ENST00000587376 817 ntTSL 516.96■□□□□ 0.32e-6■■■■■ 126
SF3B1O75533 GLB1-219ENST00000498537 570 ntTSL 416.88■□□□□ 0.292e-6■■■■■ 126
SF3B1O75533 GLB1-211ENST00000464355 557 ntTSL 313.99□□□□□ -0.172e-6■■■■■ 126
SF3B1O75533 LINC01090-202ENST00000434418 560 ntTSL 5 BASIC10.86□□□□□ -0.672e-6■■■■■ 126
SF3B1O75533 GLB1-204ENST00000415454 591 ntTSL 410.71□□□□□ -0.692e-6■■■■■ 126
SF3B1O75533 LINC01090-201ENST00000415357 881 ntTSL 3 BASIC10.49□□□□□ -0.732e-6■■■■■ 126
SF3B1O75533 GLB1-207ENST00000440656 626 ntTSL 49.65□□□□□ -0.862e-6■■■■■ 126
SF3B1O75533 GLB1-206ENST00000438227 569 ntTSL 46.76□□□□□ -1.332e-6■■■■■ 126
SF3B1O75533 LINC01090-203ENST00000632331 466 ntTSL 5 BASIC3.27□□□□□ -1.892e-6■■■■■ 126
SF3B1O75533 AC107871.1-203ENST00000637054 3238 ntTSL 517.29■□□□□ 0.362e-7■■■■■ 125.8
SF3B1O75533 AC107871.1-201ENST00000637888 2941 ntTSL 517.2■□□□□ 0.342e-7■■■■■ 125.8
SF3B1O75533 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.272e-7■■■■■ 125.8
SF3B1O75533 FAM129A-201ENST00000367511 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.63□□□□□ -0.871e-6■■■■■ 125.8
SF3B1O75533 CMIP-211ENST00000621537 4000 ntTSL 5 BASIC12.17□□□□□ -0.461e-6■■■■■ 125.8
SF3B1O75533 SPTLC1-202ENST00000337841 946 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.354e-7■■■■■ 125.7
SF3B1O75533 SPTLC1-205ENST00000477888 359 ntTSL 58.2□□□□□ -1.14e-7■■■■■ 125.7
SF3B1O75533 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.793e-6■■■■■ 125.5
SF3B1O75533 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.275e-6■■■■■ 125.5
SF3B1O75533 TPCN1-219ENST00000552077 3293 ntTSL 216.67■□□□□ 0.265e-6■■■■■ 125.5
SF3B1O75533 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.165e-6■■■■■ 125.5
SF3B1O75533 TPCN1-214ENST00000550785 5345 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 125.5
SF3B1O75533 TPCN1-204ENST00000541517 5173 ntTSL 5 BASIC12.18□□□□□ -0.465e-6■■■■■ 125.5
SF3B1O75533 CAMSAP2-202ENST00000358823 7352 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.555e-6■■■■■ 125.5
SF3B1O75533 CAMSAP2-203ENST00000413307 4498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.795e-6■■■■■ 125.5
SF3B1O75533 CAMSAP2-201ENST00000236925 7161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.68□□□□□ -1.345e-6■■■■■ 125.5
SF3B1O75533 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.881e-6■■■■■ 125.4
SF3B1O75533 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.471e-6■■■■■ 125.4
SF3B1O75533 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.361e-6■■■■■ 125.4
SF3B1O75533 DMPK-206ENST00000588522 2920 ntTSL 517.11■□□□□ 0.331e-6■■■■■ 125.4
SF3B1O75533 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.572e-6■■■■■ 125.3
SF3B1O75533 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.52e-6■■■■■ 125.3
SF3B1O75533 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.292e-6■■■■■ 125.3
SF3B1O75533 RAB10-204ENST00000495146 1292 ntTSL 525.53■■□□□ 1.686e-6■■■■■ 125.3
SF3B1O75533 RAB10-201ENST00000264710 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.366e-6■■■■■ 125.3
SF3B1O75533 WDR70-201ENST00000265107 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.59□□□□□ -0.394e-6■■■■■ 125.2
SF3B1O75533 WDR70-207ENST00000511906 5716 ntTSL 25.91□□□□□ -1.464e-6■■■■■ 125.2
SF3B1O75533 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.941e-6■■■■■ 125.2
SF3B1O75533 MYO1C-218ENST00000575158 4804 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.171e-6■■■■■ 125.2
SF3B1O75533 MYO1C-201ENST00000359786 5145 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.311e-6■■■■■ 125.2
SF3B1O75533 MYO1C-202ENST00000361007 4734 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.321e-6■■■■■ 125.2
SF3B1O75533 AC005614.2-201ENST00000595508 461 ntTSL 5 BASIC9.38□□□□□ -0.912e-6■■■■■ 125.2
SF3B1O75533 ASPSCR1-210ENST00000581608 2387 ntTSL 221.05■□□□□ 0.962e-6■■■■■ 125.2
SF3B1O75533 ASPSCR1-204ENST00000577733 5503 ntTSL 217.13■□□□□ 0.332e-6■■■■■ 125.2
SF3B1O75533 ASPSCR1-205ENST00000578236 3277 ntTSL 213.76□□□□□ -0.212e-6■■■■■ 125.2
SF3B1O75533 RAD18-201ENST00000264926 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.64□□□□□ -1.034e-7■■■■■ 125.1
SF3B1O75533 RAD18-203ENST00000415439 1550 ntTSL 56.99□□□□□ -1.294e-7■■■■■ 125.1
SF3B1O75533 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.623e-6■■■■■ 125
SF3B1O75533 SNX33-201ENST00000308527 8008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.33e-6■■■■■ 125
SF3B1O75533 C1orf123-202ENST00000470385 1009 ntTSL 1 (best)24.57■■□□□ 1.522e-6■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 TSC22D4-206ENST00000496728 837 ntTSL 321.93■■□□□ 1.19e-8■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 TSC2-205ENST00000432909 374 ntTSL 319.84■□□□□ 0.775e-6■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 CMSS1-202ENST00000463526 397 ntTSL 316.94■□□□□ 0.31e-6■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 C1orf123-201ENST00000294360 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.22e-6■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 C1orf123-206ENST00000489755 720 ntTSL 514.28□□□□□ -0.122e-6■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 CMSS1-208ENST00000496116 2145 ntTSL 1 (best)11.44□□□□□ -0.581e-6■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 CMSS1-201ENST00000421999 4330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.781e-6■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 CMSS1-206ENST00000491299 881 ntTSL 59.37□□□□□ -0.911e-6■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 C1orf123-205ENST00000483739 1912 ntTSL 29.04□□□□□ -0.962e-6■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.333e-7■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 XPOT-203ENST00000538086 787 ntTSL 53.1□□□□□ -1.911e-9■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 XPOT-206ENST00000542958 1321 ntTSL 52.69□□□□□ -1.981e-9■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 RIPOR3-202ENST00000327979 4377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.161e-6■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.014e-7■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.734e-7■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 PHF2-203ENST00000610682 2921 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.074e-7■■■■■ 124.9
SF3B1O75533 CCNG2-203ENST00000497512 2051 ntTSL 1 (best)27.76■■■□□ 2.032e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.352e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.182e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 CYTH1-216ENST00000591574 1043 ntTSL 326.79■■□□□ 1.885e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 MICU2-204ENST00000469058 830 ntTSL 523.86■■□□□ 1.413e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 TRAPPC9-215ENST00000524162 591 ntTSL 422.82■■□□□ 1.243e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.975e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.913e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 UBE3D-207ENST00000509102 1246 ntTSL 1 (best)20.47■□□□□ 0.873e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 MICU2-203ENST00000468222 742 ntTSL 520.12■□□□□ 0.813e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.815e-9■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.775e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.695e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.65e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 UBE3D-204ENST00000430071 1352 ntTSL 518.51■□□□□ 0.553e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.53e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 TRAPPC9-214ENST00000523777 705 ntTSL 317.56■□□□□ 0.43e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 TRAPPC9-213ENST00000522504 665 ntTSL 316.92■□□□□ 0.33e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 UBE3D-201ENST00000237186 1879 ntTSL 1 (best)16.74■□□□□ 0.273e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 NFIX-201ENST00000358552 1727 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.195e-9■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 TRAPPC9-206ENST00000519482 551 ntTSL 413.7□□□□□ -0.223e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 ITPR1-219ENST00000544951 4131 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.542e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 P3H1-212ENST00000481465 728 ntTSL 211.32□□□□□ -0.67e-8■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 CYTH1-217ENST00000592497 454 ntTSL 39.2□□□□□ -0.945e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 ITPR1-203ENST00000357086 9762 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.01□□□□□ -1.132e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 ITPR1-201ENST00000302640 10197 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC7.84□□□□□ -1.152e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 ITPR1-202ENST00000354582 10242 ntTSL 5 BASIC7.79□□□□□ -1.162e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 ITPR1-205ENST00000456211 9717 ntTSL 1 (best) BASIC7.55□□□□□ -1.22e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 SORT1-209ENST00000538502 6993 ntTSL 2 BASIC7.16□□□□□ -1.263e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 AC246817.1-201ENST00000520024 610 ntTSL 3 BASIC7.12□□□□□ -1.275e-6■■■■■ 124.8
SF3B1O75533 ATP2B1-203ENST00000393164 3127 ntTSL 1 (best) BASIC3.79□□□□□ -1.83e-6■■■■■ 124.8
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1426.1 ms