Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
USP4Q13107 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
USP4Q13107 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
USP4Q13107 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
USP4Q13107 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
USP4Q13107 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
USP4Q13107 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
USP4Q13107 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
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USP4Q13107 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
USP4Q13107 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
USP4Q13107 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
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