Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms