Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms