Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms