Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
BRPF3Q9ULD4 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms