Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.3 ms