Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms