Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
VPS54Q9P1Q0 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC28.59■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS54Q9P1Q0 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.16
VPS54Q9P1Q0 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
VPS54Q9P1Q0 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS54Q9P1Q0 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms