Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CLIP3Q96DZ5 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CLIP3Q96DZ5 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CLIP3Q96DZ5 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CLIP3Q96DZ5 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms