Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SF3A1Q15459 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
SF3A1Q15459 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
SF3A1Q15459 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SF3A1Q15459 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms