Protein–RNA interactions for Protein: P42858

HTT, Huntingtin, humanhuman

Predictions only

Length 3,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HTTP42858 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HTTP42858 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
HTTP42858 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
HTTP42858 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HTTP42858 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
HTTP42858 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HTTP42858 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
HTTP42858 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
HTTP42858 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
HTTP42858 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
HTTP42858 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
HTTP42858 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
HTTP42858 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HTTP42858 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
HTTP42858 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HTTP42858 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
HTTP42858 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
HTTP42858 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
HTTP42858 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
HTTP42858 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
HTTP42858 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
HTTP42858 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
HTTP42858 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
HTTP42858 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
HTTP42858 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC28.54■■■□□ 2.16
HTTP42858 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
HTTP42858 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
HTTP42858 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
HTTP42858 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
HTTP42858 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
HTTP42858 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
HTTP42858 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
HTTP42858 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
HTTP42858 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
HTTP42858 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HTTP42858 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HTTP42858 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
HTTP42858 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HTTP42858 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HTTP42858 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
HTTP42858 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
HTTP42858 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
HTTP42858 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
HTTP42858 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
HTTP42858 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
HTTP42858 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
HTTP42858 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
HTTP42858 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
HTTP42858 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
HTTP42858 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
HTTP42858 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
HTTP42858 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HTTP42858 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HTTP42858 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HTTP42858 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HTTP42858 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
HTTP42858 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
HTTP42858 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
HTTP42858 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
HTTP42858 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
HTTP42858 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
HTTP42858 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
HTTP42858 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
HTTP42858 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HTTP42858 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
HTTP42858 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
HTTP42858 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HTTP42858 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HTTP42858 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HTTP42858 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HTTP42858 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
HTTP42858 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HTTP42858 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
HTTP42858 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HTTP42858 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HTTP42858 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HTTP42858 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
HTTP42858 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
HTTP42858 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HTTP42858 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HTTP42858 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HTTP42858 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HTTP42858 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
HTTP42858 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HTTP42858 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HTTP42858 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HTTP42858 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HTTP42858 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
HTTP42858 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
HTTP42858 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
HTTP42858 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
HTTP42858 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
HTTP42858 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HTTP42858 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HTTP42858 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
HTTP42858 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
HTTP42858 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HTTP42858 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HTTP42858 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HTTP42858 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms