Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
SCN4AP35499 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SCN4AP35499 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
SCN4AP35499 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
SCN4AP35499 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
SCN4AP35499 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC30.2■■■□□ 2.43
SCN4AP35499 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.43
SCN4AP35499 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
SCN4AP35499 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC30.2■■■□□ 2.43
SCN4AP35499 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
SCN4AP35499 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC30.18■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC30.15■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC30.14■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC30.14■■■□□ 2.42
SCN4AP35499 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC30.13■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SCN4AP35499 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC30.06■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC30.01■■■□□ 2.4
SCN4AP35499 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC30■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC29.99■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
SCN4AP35499 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SCN4AP35499 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SCN4AP35499 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
SCN4AP35499 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
SCN4AP35499 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
SCN4AP35499 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC29.91■■■□□ 2.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.6 ms