Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.1 ms