Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS39Q96JC1 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms