Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC39Q9UFE4 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms