Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms