Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC23.95■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HOXC9P31274 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.5 ms