Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
VPS54Q9P1Q0 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms