Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms