Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC39Q9UFE4 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC39Q9UFE4 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.4 ms